辅助脚本处理用户输入的安全问题时，应当遵循以下最佳实践：
1. 输入验证和过滤
对用户输入进行严格的验证和过滤，确保输入符合预期的格式和内容。可以使用正则表达式或内置的验证函数来验证输入数据，并考虑过滤特殊字符和非法输入。
2. 防止注入攻击
不要直接将用户输入拼接到SQL语句或命令中，而是使用参数化查询或预编译语句来防止SQL注入和命令注入攻击。
3. 使用安全的HTML模板引擎
如果需要在HTML中输出用户输入，应使用安全的HTML模板引擎，如Jinja2，来确保用户输入不会被解释为HTML标签或脚本。
4. 避免使用危险函数
避免使用如`eval()`这样的函数来解析用户输入的字符串，因为它们可能会执行任意的代码，导致安全漏洞。
5. 设置合适的权限和防火墙
确保应用程序的用户只能访问他们需要的资源和功能，并使用防火墙来限制来自用户的不受信任的访问。
6. 错误处理和日志记录
处理用户输入时应进行适当的错误处理，避免泄露敏感信息，并记录日志以便追踪和调试。
7. 使用安全框架和库
使用经过验证和广泛使用的安全框架和库，以减少漏洞和安全风险。
8. 定期更新和安全审计
定期更新软件和库，并进行安全审计和渗透测试来发现和修复潜在的漏洞。
通过实施这些措施，可以大大提高辅助脚本处理用户输入时的安全性，减少遭受恶意攻击的风险。
